NAMD-Lite

NAMD-Lite (ранее MDX): программная библиотека ОТ для моделирования молекулярной динамики биомолекул. Ранее пакет считался входящим в состав метапакета MDtools. В настоящее время служит для прототипической разработки расчётных методов в составе пакета NAMD, что и отражено в смене названия.

Включает методики: модель силового поля по типу AMBER, ограничения ансамблей (NVE, NVT, NPT, anisotropic NPT), эвальдовская сумма, расчёт свободной энергии. Язык программирования Си. Есть возможность параллелизации расчёта (MPI).

Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.

— Ю.Т.

Источники

• Сайт проекта: [1].