LAMMPS
LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator): пакет ОТ для задач молекулярной механики и динамики, разработанный Плимптоно, Томпсоном и Крозье в Лаборатории Сандиа (Steve Plimpton, Aidan Thompson, Paul Crozier).
Может моделировать атомные, полимерные, биологические (в т.ч., протеины и ДНК), металлические, гранульные и гибридные системы. Также может моделировать ансамбли частиц в жидком, твёрдом или газообразном состоянии, с близкими или дальними взаимодействиями.
Включает ряд моделей парных потенциалов (Леннард-Джонс, Кулон, Бакингем, Морзе, Юкава, frictional granular, tabulated, гибридные); молекулярных потенциалов (bond, angle, dihedral, improper, class 2 (cross term), Embedded Atom Method); полимерных потенциалов (full-atom, united-atom, «шары и пружины», дальние кулоновские: Эвальд и PPPM (вариант particle-mesh Ewald)). Включает ряд моделей силовых полей, в т.ч., Amber, CHARMM, Dreiding, Embedded Atom Method based Force Fields, Class2 Force Fields.
Язык программирования Фортран. Формат данных текстовый. Есть совместимость с форматами описаний силовых полей CHARMM, AMBER и Dreiding.
Предусмотрена возможность параллелизации вычислений (MPI, OpenMP). Также существует пакет ОТ gpulammps, дополняющий способности LAMMPS к параллельному счёту возможностью пользоваться в этих целях средой CUDA.
Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.
— Ю.Т.
