GROMACS
GROMACS: пакет ОТ для задач молекулярной динамики, разработанный в Университете Гронингена, Нидерланды.
Ориентирован в первую очередь на работу с моделями биохимических молекул (протеины, липиды, нуклеиновые кислоты), т. е., таких, которые имеют множественные взаимодействия по связям. Также хорошо приспособлен к работе с крупными моделями, имеющими несвязевые взаимодействия (например, полимеры).
Расчётная мощность моделирования, указанная авторами, составляет от сотен до миллионов частиц. Авторы отмечают, что в код внесено большое число алгоритмических оптимизаций, в т.ч., максимально используются возможности оборудования (SSE, 3DNow!, дополнительные возможности 64-битовых архитектур), на котором работает пакет. Это, по утверждению авторов, даёт рост скорости вычислений в 3-10 раз по сравнению с иными аналогичными пакетами. В состав включены средства анализа и визуализации траекторий (т. е., динамики) и средства построения топологий протеинов.
Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка укладки байтов архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики.
Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных (MPI, OpenMP). Существует дополнительный пакет Gromacs-OpenMM (nvidia.com/object/gromacs_on_tesla.html), разрешающий параллельный счёт GROMACS с использованием возможностей среды OpenMM (т. е., графического оборудования NVIDIA и ATI).
