GROMACS — различия между версиями
м (→Источники) |
м |
||
| Строка 8: | Строка 8: | ||
Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка [[укладка байтов|укладки байтов]] архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики. | Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка [[укладка байтов|укладки байтов]] архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики. | ||
| − | Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных ([[MPI]], [[OpenMP]]). Существует дополнительный пакет Gromacs-OpenMM | + | Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных ([[MPI]], [[OpenMP]]). Существует дополнительный пакет Gromacs-OpenMM, разрешающий параллельный счёт GROMACS с использованием возможностей среды OpenMM (т. е., графического оборудования NVIDIA и ATI). |
== Источники == | == Источники == | ||
* Сайт проекта GROMACS. Режим доступа: [http://gromacs.org]. | * Сайт проекта GROMACS. Режим доступа: [http://gromacs.org]. | ||
| − | * | + | * Вариант Gromacs-OpenMM. Режим доступа: [http://nvidia.com/object/gromacs_on_tesla.html]. |
[[category:ПО квантомеханических и молекулярных расчётов]] | [[category:ПО квантомеханических и молекулярных расчётов]] | ||
Версия 16:22, 16 августа 2015
GROMACS: пакет ОТ для задач молекулярной динамики, разработанный в Университете Гронингена, Нидерланды.
Ориентирован в первую очередь на работу с моделями биохимических молекул (протеины, липиды, нуклеиновые кислоты), т. е., таких, которые имеют множественные взаимодействия по связям. Также хорошо приспособлен к работе с крупными моделями, имеющими несвязевые взаимодействия (например, полимеры).
Расчётная мощность моделирования, указанная авторами, составляет от сотен до миллионов частиц. Авторы отмечают, что в код внесено большое число алгоритмических оптимизаций, в т.ч., максимально используются возможности оборудования (SSE, 3DNow!, дополнительные возможности 64-битовых архитектур), на котором работает пакет. Это, по утверждению авторов, даёт рост скорости вычислений в 3-10 раз по сравнению с иными аналогичными пакетами. В состав включены средства анализа и визуализации траекторий (т. е., динамики) и средства построения топологий протеинов.
Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка укладки байтов архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики.
Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных (MPI, OpenMP). Существует дополнительный пакет Gromacs-OpenMM, разрешающий параллельный счёт GROMACS с использованием возможностей среды OpenMM (т. е., графического оборудования NVIDIA и ATI).
