GROMACS — различия между версиями
м |
м |
||
| (не показана одна промежуточная версия этого же участника) | |||
| Строка 8: | Строка 8: | ||
Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка [[укладка байтов|укладки байтов]] архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики. | Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка [[укладка байтов|укладки байтов]] архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики. | ||
| − | Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных ([[MPI]], [[OpenMP]]). Существует дополнительный пакет Gromacs-OpenMM, разрешающий параллельный счёт GROMACS с использованием возможностей среды OpenMM | + | Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных ([[MPI]], [[OpenMP]]). Существует дополнительный пакет '''Gromacs-OpenMM''', разрешающий параллельный счёт GROMACS с использованием возможностей среды [[OpenMM]]. |
| + | |||
| + | ''Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года''. | ||
| + | |||
| + | — [[user:Yury Tarasievich|Ю.Т.]] | ||
== Источники == | == Источники == | ||
| − | * Сайт проекта | + | * Сайт проекта: [http://gromacs.org]. |
| − | * | + | * Сайт пакета Gromacs-OpenMM: [http://nvidia.com/object/gromacs_on_tesla.html]. |
[[category:ПО квантомеханических и молекулярных расчётов]] | [[category:ПО квантомеханических и молекулярных расчётов]] | ||
Текущая версия на 11:20, 17 августа 2015
GROMACS: пакет ОТ для задач молекулярной динамики, разработанный в Университете Гронингена, Нидерланды.
Ориентирован в первую очередь на работу с моделями биохимических молекул (протеины, липиды, нуклеиновые кислоты), т. е., таких, которые имеют множественные взаимодействия по связям. Также хорошо приспособлен к работе с крупными моделями, имеющими несвязевые взаимодействия (например, полимеры).
Расчётная мощность моделирования, указанная авторами, составляет от сотен до миллионов частиц. Авторы отмечают, что в код внесено большое число алгоритмических оптимизаций, в т.ч., максимально используются возможности оборудования (SSE, 3DNow!, дополнительные возможности 64-битовых архитектур), на котором работает пакет. Это, по утверждению авторов, даёт рост скорости вычислений в 3-10 раз по сравнению с иными аналогичными пакетами. В состав включены средства анализа и визуализации траекторий (т. е., динамики) и средства построения топологий протеинов.
Формат данных текстовый; промежуточные файлы не зависят от порядка укладки байтов архитектуры оборудования. Может обращаться к сетевым базам данных квантовой химии и биоинформатики.
Предусмотрена возможность параллелизации вычислений с декомпозицией данных (MPI, OpenMP). Существует дополнительный пакет Gromacs-OpenMM, разрешающий параллельный счёт GROMACS с использованием возможностей среды OpenMM.
Сведения по состоянию на 2-й квартал 2012 года.
— Ю.Т.
